Após a instalação do programa, para chamar-se o mCalc 3D basta clicar-se sobre o ícone criado pela instalação do programa 
.
Entretanto, antes de seu uso, sugere-se que seja processada uma personalização do programa. Chamando-se o menu Exibir ….. Preferências acessam-se as configurações do mCalc 3D que tem várias opções:
