Os comandos do CadEM 3D são divididos em sete grandes grupos, que existem para facilitar o acesso do usuário às ferramentas do programa: Projeto, Estrutura, Eixos e Níveis, Planos de trabalho, Modificações, Vistas e Lista de Materiais.
Estes grupos de ferramentas podem ser acessados pelo usuário através do menu, nas barras de ferramentas ou no painel de comandos.
