Para facilitar o trabalho de edição/manipulação da estrutura, o mCalc 3D permite que se crie diferentes layers, que podem ser aplicados aos elementos estruturais, tornando mais simples a sua identificação e seleção.
Clica-se sobre o botão 
para abrir a janela de edição de layers.
Para acrescentar novos layers, clica-se sobre o botão Adicionar. Deve-se então digitar um nome para o novo layer, escolher sua cor, estilo de linha e preenchimento. Podem-se adicionar quantos layers forem necessários.
Para remover um layer, basta selecioná-lo com um clique de mouse e clicar sobre o botão Remover. O layer 0 é o layer padrão, e não pode ser editado ou removido.
Para tornar um layer invisível, deve-se desmarcar a caixa correspondente na janela de configurações. Desmarcando a opção Habilitado, as barras desenhadas com esse layer permanecerão visíveis, mas não poderão ser selecionadas para edição.